Die Verfahrensdokumentation ist erforderlich, um die Anforderungen an Nachvollziehbarkeit und Nachprüfbarkeit zu erfüllen. Mit ihr müssen alle Vorgehensweisen sowie Systeme und Programme im Einzelnen dargestellt werden, mit denen Nachvollziehbarkeit und Nachprüfbarkeit erreicht werden (soll).
Der Begriff Verfahrensdokumentation hat seinen Ursprung eigentlich im Bereich der IT. Dort steht er ebenso für die nachvollziehbare Abbildung von Prozessen. Bei der Erstellung einer Verfahrensdokumentation sollte deshalb das Personal aus der Buchhaltung bzw. Steuerabteilung eng mit dem EDV-Fachpersonal zusammenarbeiten und lernen, eine gemeinsame Sprache zu finden.
Der konkrete Inhalt einer Verfahrensdokumentation hängt stark von den buchführungsrelevanten Prozessen im betreffenden Unternehmen ab. Am Anfang der Erstellung einer Verfahrensdokumentation muss die Frage immer lauten: In welche buchführungsrelevanten Prozesse sind die IT-Systeme einbezogen? Genau diese Prozesse sind zu identifizieren und von Anfang bis Ende zu beschreiben. Beispiele für entsprechende Prozesse sind z.B. das Procedere zur Belegdigitalisierung oder die Verarbeitung von eingehenden Rechnungen.
Da betriebliche Prozesse sehr heterogen sind, kann es auch kein einheitliches Muster geben, wohl aber Punkte, die auf jeden Fall in der Dokumentation thematisiert werden sollten.
Die Verfahrensdokumentation dient insbesondere dazu, dass sich ein sachverständiger Dritter, also etwa ein Betriebsprüfer, innerhalb einer angemessenen Zeit einen Überblick verschaffen kann. Also sollte sie entsprechend formal aufbereitet sein: mit Übersichten, Grafiken und einem Inhaltsverzeichnis. Eine bloße Aneinanderreihung von Details ohne weitere Erläuterung und Strukturierung dürfte die Anforderungen nicht erfüllen. Die nachfolgenden Beschreibungen stellen den Idealfall einer Verfahrensdokumentation dar. Vieles knüpft hierbei an IT-Prozesse und deren Beschreibung an. Regelmäßig sind dies recht spezielle technische Themen, deren detaillierte technische Beschreibung gerade kleine Unternehmen regelmäßig überfordert. Die GoBD und damit die Regeln zur Verfahrensdokumentation gelten zwar für alle Unternehmen, erfreulicherweise erhalten die neuen GoBD hierzu aber eine Erleichterung: Bei Kleinunternehmen, die ihren Gewinn durch Einnahmenüberschussrechnung ermitteln (hier gilt als Grenze 22.000 € Jahresumsatz), soll die Erfüllung der Anforderungen an die Aufzeichnungen nach den GoBD regelmäßig auch mit Blick auf die Unternehmensgröße bewertet werden. Wenn also die wesentlichen Bestandteile einer Verfahrensdokumentation enthalten sind, wird bei betreffenden Unternehmen gegebenenfalls Nachsicht gewährt, wenn zum Beispiel komplexe technische Sachverhalte nicht bis ins letzte Detail beschreiben sind.